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Biología

Una IA diseña proteínas a partir de una simple descripción en texto

El modelo Pinal convierte una frase en una proteína candidata, aunque sus aciertos todavía son desiguales.

Escribir "quiero una proteína que brille en verde" y recibir un diseño listo para probar. Esa es la promesa de una nueva inteligencia artificial.

Ilustración de la nota: Una IA diseña proteínas a partir de una simple descripción en texto

Un equipo liderado por la Universidad de Westlake, en China, presentó en la revista Nature a Pinal, un gran modelo de IA que genera proteínas candidatas solo a partir de instrucciones en lenguaje natural, sin que el usuario tenga que dominar estructuras moleculares ni restricciones geométricas.

Pinal trabaja en dos pasos. Su primer módulo, T2struct, convierte la descripción en un plano estructural; el segundo, SaProt-T, usa ese plano y el texto original para escribir la secuencia de aminoácidos. Genera varios planos, diseña la mejor secuencia para cada uno y elige el par con mejor puntuación. Para entrenarlo, el equipo partió de 135 millones de secuencias y armó una biblioteca de 1.700 millones de pares proteína-texto, con estructuras predichas de la base de datos de AlphaFold.

Los resultados fueron mixtos. Para la proteína fluorescente creó 50.000 secuencias; se probaron 29 y solo una brilló. Le fue mejor con una proteína H del metabolismo: cinco de veinte candidatas funcionaron, y la mejor multiplicó por 1,7 el rendimiento de un proceso clave de captura de carbono frente a la proteína natural de E. coli.

Datos clave

  • Se probó con cuatro proteínas, entre ellas una enzima que degrada plástico.
  • Biblioteca de entrenamiento: 1.700 millones de pares proteína-texto.
  • Aún es difícil pedirle propiedades precisas, como un color exacto de emisión.
  • Publicado en Nature.

Todavía falta trabajo para que Pinal sea una herramienta de rutina en los laboratorios.

Fuente original: Phys.org

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